İlk öğrenimine Hacı Ahmet Amiş Efendi'nin gözetimindeki sıbyan mektebinde başlayan yazar, ardından Tırnova Rüştiyesine gitti. Rüştiyeden mezun olduktan sonra Arapça, Farsça ve İslami ilimler üzerine dersler aldı.

Sanatçı, yazısının güzelliği nedeniyle henüz 15 yaşındayken Tırnova Sancağı Muhasebe Kalemi'nde memuriyete başladı ve görevi esnasında muhasebe tekniklerini kavradı.

İsmail Fenni Ertuğrul, Dede Efendi'nin talebelerinden Meytabzade'nin öğrencisi Cudi Efendi'den musiki eğitimi aldı.

Osmanlı-Rus Savaşı döneminde Balkanlar'daki işgaller nedeniyle 20 yaşındayken İstanbul'a göç eden sanatçı, bir yandan memuriyete devam etti.

Ertuğrul, Fransızca resmi yazışmaları gerçekleştirecek kadroları yetiştirmek amacıyla kurulan Dil Mektebini 1886'da tamamladı.

Dört sene boyunca İngilizce eğitimi alan yazar, 1899'da Divan-ı Muhasebat üyeliğine getirildi ve bir müddet sonra Mabeyn-i Hümayun bütçesini tertip eden komisyonda görev aldı.

Usta sanatçı, titiz, dürüst ve gayretli kişiliğiyle tanınırken, muvaffakiyetli çalışmalarından ötürü dördüncü dereceden Mecidiye ve üçüncü dereceden Osmanlı nişanı ile ödüllendirildi.

Sanatçı, 1911'de emekliliğe ayrılmasının ardından önceden üzerinde çalıştığı eserleri bitirmeye odaklandı ve bilhassa felsefi alanlarda araştırmalarına yoğunlaştı.

Edebiyat ve musikiyle yakından ilgilenen Ertuğrul, Tırnova'da Karaoğlan Dimitriof'tan kanun, Tırnovalı Pamukoğlu'ndan keman dersleri aldı.

Sanatçı, İstanbul’a yerleştikten sonra Kemani Aleksan Ağa, Tanburi Ali Efendi, Hacı Faik Bey ve bestekar Şevki Bey gibi isimlerin öğrencisi oldu.

Çoğunun güftesi kendisine ait olmak üzere 200'den fazla beste, saz semaisi ve peşreve imza atan sanatçı, pek çok şiir ve gazel de kaleme aldı. Ertuğrul'un 1924'te Cumhurbaşkanlığına sunduğu yürüyüş marşlarından bir kısmı askeri bandolara tavsiye edildi.

İsmail Fenni Ertuğrul, ilmi çalışmalarına dair yazdığı bir metinde şu ifadelere yer vermişti:

"Ben acizane 90 yıllık ömrümü ilme ve güzel sanatlara vakfettim. Doğu ve Batı'nın düşünce dünyasını, bu dünyaların kesiştiği, ayrıştığı ve birbirini reddettiği noktaları tetkik ettim. Eserlerim vasıtasıyla ulaştığım gerçekleri, şimdiki ve gelecek nesillere aktarmaya gayret ettim."

Edindiği birikimlerle dönemin fikir akımlarını İslam düşüncesiyle kıyaslayan Ertuğrul, tasavvufun ehemmiyetini vurgulamak ve vahdetivücut görüşünün detaylarını izah etmek amacıyla "üstadım" diye nitelendirdiği İbn Arabi'yi konu alan bir eser kaleme aldı.

Tercüman-ı Hakikat gazetesindeki makaleleriyle Türk basın tarihinin en eski kalemlerinden biri sayılan sanatçının yazılarının bir bölümü, vefatından sonra basıldı.

Usta yazar, vefat etmeden önce Cağaloğlu ve Büyükada'daki taşınmazları ile henüz basılmamış çalışmalarını ve tüm kitaplarının yayın haklarını Darüşşafaka'ya bağışladı.

Basılmış eserlerinin nüshalarını müftülüklere iletilmek üzere Diyanet İşleri Başkanlığına devreden Ertuğrul, 9 bin 50 ciltten oluşan kütüphanesini ise Beyazıt Devlet Kütüphanesine armağan etti.

Mütevazı bir yaşam sürmeyi seçen Ertuğrul, 29 Ocak 1946'da İstanbul'da 96 yaşındayken hayata veda etti.

İsmail Fenni Ertuğrul, ilk felsefe sözlüğü niteliğindeki "Lügatçe-i Felsefe"nin yanı sıra "Maddiyyun Mezhebinin İzmihlali", "Kitabı-ı İzale-i Şükuk", "Vahdet-i Vücud ve Muhiddin-i Arabi", "Küçük Kitapta Büyük Mevzular" ve "Enver-i Hakikat" gibi önemli eserleri literatüre kazandırdı.